Hola Verifica si exista otro perfil del Firefox, quizás tengas el perfil viejo y la actualización creo un perfil nuevo. También si existe algunos backups de los marcadores en la carpeta "bookmarkbackups" dentro del perfil. Finalmente tenemos el archivo "places.sqlite" (base de datos del Firefox) que almacena el historial y los marcadores, comprueba su tamaño y fecha de creación, una alternativa es editar este archivo para extraer los marcadores lo cual no es sencillo ya que necesitas una aplicación que reconozca el formato sqlite. Saludos

Gracias por la pronta respuesta, voy a decir aquí que no tengo idea de perfiles de firefox, nunca había creado una cuenta hasta ahora, donde veo esto? Lo único que encontré en la web es que firefox crea backups regularmente, bueno fui a la ruta que indica la página del desarrollador y todo está vacío, vamos si que están los títulos de las carpetas, ejemplo: Blogs de musica, pero dentro está vacio, y así con todos, muy raro honestamente, he actualizado N veces y jamas me había pasado, donde encuentro mi perfil? Saludos y gracias.

Hola Te paso la guía para encontrar el perfil: http://mzl.la/1BAQULj

Un visor de archivos sqlite es: https://sqlitebrowser.org/ Saludos