Hola Al reparar las carpetas y estas están corruptas entonces los correos serán borrados del Thunderbird, pero usted puede verificar si estos archivos existen en el disco externo, las carpetas locales del Thunderbird son carpetas en el sistema de archivos, si no los encuentras puede usar algún programa de recuperación de archivos como EaseUs Data Recovery, etc no conviene seguir grabando en ese disco externo hasta realizar el procedimiento de recuperación. Saludos