pdf.js (https://mozilla.github.io/pdf.js/) è la libreria di Thunderbird che visualizza i PDF. Questa libreria converte il formato PDF in un suo equivalente HTML che poi è visualizzato da Thunderbird. Con file PDF semplici la conversione è praticamente perfetta. Con file PDF con caratteristiche tecniche o grafiche avanzante invece possono esserci delle imperfezioni come quella che hai descritto. Non esiste una soluzione se non quella di attendere gli aggiornamenti di pdf.js. Oppure puoi impostare un diverso programma per aprire i PDF, perdendo però la comodità del visualizzatore integrato.